バレット食道との関係が深い疾患として、胃食道逆流症（GERD）が挙げられます。胃食道逆流症とは、食道裂孔の緩みから胃の一部が腹部から胸部へと上がってしまった状態である食道裂孔ヘルニア、およびそれに関連して食道の下部を締める役割を持つ下部食道括約筋が緩むことによって、胃酸が食道に戻りやすくなり、胸やけや喉～前胸部の詰まり感などを生じるという病態です。この酸の逆流によって食道の下部に炎症が起きたものが、逆流性食道炎です。胃の粘膜表層の腺上皮は酸に強い一方、食道の重層扁平上皮は酸に弱いため、逆流した胃酸に長くさらされると食道の重層扁平上皮は炎症を生じてしまうという訳です。

逆流性食道炎はその性質から繰り返し生じることが多い疾患で、慢性的に炎症と治癒を繰り返しています。この過程で、食道の粘膜が胃の腺上皮と同様の円柱上皮に置き換わった状態がバレット食道です。円柱上皮に置き換わると逆流した酸による炎症を生じにくくなるため、この重層扁平上皮から円柱上皮への変性は、食道が胃酸から身を守るための防御反応であるともいえます。

このように、バレット食道の主な原因は胃酸の食道への慢性的な逆流です。この胃酸の逆流を促進してしまう要因としては肥満が挙げられ、とくに内臓脂肪が多いと腹圧が上がって胃酸が食道へ逆流しやすくなります。高脂肪・高タンパク食は胃酸の分泌を促し、また飲酒・喫煙は胃酸の分泌を促進し、さらに喫煙は下部食道括約筋を緩める作用もあるため、バレット食道を増悪させる因子となります。また女性よりも男性で多く、長年の慢性的な炎症が関係していることから若年者よりも中高年で多いことも、この疾患の特徴といえます。

バレット食道は本邦において近年増加傾向にありますが、この要因としては食生活の欧米化、肥満者の増加などのほか、ピロリ菌感染率の低下も関係しているとされています。ピロリ菌に慢性感染すると、数十年の経過で徐々に胃酸の分泌能が減ってきます。本邦における生活環境がここ数十年で清潔になり、感染契機が減ってピロリ菌感染者が減ったため、胃酸分泌量の多い人の割合が増えた結果、バレット食道が増加してきているという訳です。

バレット食道そのものに対しては、本邦では保険適応の治療法はありません。胃食道逆流症（GERD）の症状をコントロールし、逆流性食道炎の慢性化を防ぐことが治療の主体であるといえます。
薬物療法では、P-CAB・プロトンポンプ阻害薬（PPI）などの酸分泌抑制薬で胃酸の分泌を抑えることが最も有効です。これによって食道への酸による粘膜障害が抑えられ、慢性炎症の繰り返しによる円柱上皮化を予防することができます。そのほか、消化管の運動を促進する消化管蠕動運動改善薬や、ある種の漢方薬を用いることもあります。

また夕食後すぐに臥床しない、左向きで寝る（右向きになると酸が食道へ逆流しやすくなるため）、飲酒・喫煙・カフェイン・油もの・炭酸飲料などを控える、体重の減量（主に内臓脂肪の減少）など、生活習慣を変えていくことも重要です。
バレット腺がんに進展してしまった際にも、早期であれば内視鏡的胃粘膜下層剥離術（ESD）で内視鏡的に切除することが可能です。しかしながらがんがある程度進んでしまうと外科的切除（手術）が必要となり、バレット腺がんはその局在が食道胃接合部主体であることから、開胸・開腹を要すため比較的高侵襲な手術となります。ただ近年は胸腔鏡・腹腔鏡下手術やロボット支援下手術といった、より低侵襲な手術が行われることも増えてきています。

バレット食道は胃食道逆流症（GERD）の慢性化によって生じる粘膜の不可逆的変化であり、経過を追わずにそのまま放置するとバレット腺がんに進行する可能性のある疾患です。早期発見および程度に応じての定期的な観察を行い、必要に応じての治療介入をすることが重要です。さらにそれによってがん化のリスク抑えることができ、またがん化した際にも早期に発見してより低侵襲な治療で治癒することが可能となります。

胸やけなどの胃酸の逆流症状が慢性的に続く際には、なるべく早期に消化器病専門医・内視鏡専門医を受診し、胃カメラを受けていただくことが推奨されます。